Die im Jahr 1953 dem Würzburger Bistumspatron St. Kilian geweihte Kirche ist ein frühes Hauptwerk des Würzburger Dombaumeisters Hans Schädel. Sie gilt als dessen „stilsicherster und zukunftsweisender Bau innerhalb seiner frühen Arbeiten“; die FAZ feierte den Neubau 1953 gar als „Ereignis“.
Angesichts der rasch wachsenden Stadt war im Jahr 1927 aus dem Sprengel von Hl. Geist eine zweite Pfarrei im nordwestlichen Innenstadtbereich mit 5500 Katholiken ausgegliedert und St. Kilian geweiht worden. Der 1926 / 27 errichtete Neubau einer am 13. November 1927 durch Bischof Matthias Ehrenfried dem Bistumspatron St. Kilian geweihten Kirche an der heutigen Stelle wurde bei zwei Bombenangriffen am 19. Oktober 1944 und am 10. April 1945 nahezu völlig zerstört. Der Gottesdienst musste fortan in einer Notkirche an der Moritz-Fischer-Straße abgehalten werden.
Der Turm der Kirche blieb im Wesentlichen erhalten, das Kirchenschiff wurde ausgebombt und die südliche Außenmauer dabei völlig zerstört. Die US-amerikanischen Truppen marschierten am 11. April 1945 in Schweinfurt ein. Einen Tag später starb der amerikanische Präsident Franklin D. Roosevelt und die Amerikaner hielten an diesem Tag bereits an der Kirchenruine eine Trauerfeier ab. In der Vorhalle der Ruine wurde kurz nach dem Krieg ein provisorischer Theatersaal eingerichtet, da der eigentliche Theatersaal der Stadt zerstört war.
Im Jahr 1952 begann der Würzburger Dombaumeister Hans Schädel mit dem Neubau der Kirche, unter Verwendung vorhandener Umfassungsmauern, hauptsächlich vom Turm. Am 20. September 1953 weihte Bischof Julius Döpfner die neue Kirche ein.
Prägend für den Kirchenraum ist sicher das von Georg Meistermann geschaffene, 250 m² große Chorfenster mit dem Motiv der Ausgießung des Heiligen Geistes. Das Kunstwerk gilt als eines der größten Kirchenfenster Deutschlands.
Schädel ist es mit der Schweinfurter Kilianskirche meisterhaft gelungen, einen monumentalen und zugleich schlichten Raum zu schaffen, der durch die Einfachheit seiner architektonischen Formen im Zusammenwirken mit der Lichtführung eine besondere Größe ausstrahlt, 1
urteilt Erich Schneider in der Festschrift zum 200-jährigen Jubiläum der Pfarrei Heilig Geist über die Schweinfurter Kilianskirche.
1.) Schneider, Erich, „… Symbole des geistig-religiösen Ringens unserer Zeit.“ Katholische Kirchenbauten nach 1945 in Schweinfurt, in: Müller, Uwe und Schneider, Erich: Spurensuche. 1806-2006, 200 Jahre Pfarrei Heilig Geist 200 Jahre Katholiken in Schweinfurt, Schweinfurt 2007, 286.